УМНЦ ИСК осуществляет спелеологические и карстологические исследования по следующим направлениям:

• гипогенный карсто-спелеогенез: теоретические основы, региональные обобщения, специальные и прикладные аспекты (гидрогеология, формирование и прогноз карстовых нефтегазовых и рудных месторождений; провальная опасность);
• теория и методы реконструкции природных условий прошлого по комплексным исследованиям карста, изотопно-геохимическому изучению и датировке отложений пещер; построение новой региональной шкалы хронологии событий плейстоцена для Юго-Восточной Европы и Черноморского региона;
• интегрирование теоретических основ гидрогеологии и геоморфологии карста, разработка теории эволюции карста;
• роль, строение и функционирование эпикарстовой зоны карстовых массивов;
• разработка научных основ природопользования, природоохранных мер и оценки антропогенных воздействий на окружающую среду для карстовых районов и пещер с учетом их специфических свойств; научное сопровождение проектов использования пещер;
• изучение механизмов провалообразования, совершенствование научных подходов и методов оценки провальной опасности на закарстованных территориях;
• палеонтология пещерных местонахождений;
• изучение влияния карстовой среды на условия жизни и деятельности населения закарстованных территорий (хозяйственные, медико-географические, социально-экономические, культурно-этнические и другие аспекты).

К научным задачам УМНЦ ИСК относятся:

• ведение кадастра пещер Крыма, сбор, анализ информации по естественным подземным полостям Крымского полуострова;
• оказание консультационно-экспертных и научно-методических услуг по вопросам геоэкологии, геоморфологии, инженерной геологии, гидрогеологии, природопользования, эксплуатации минеральных и водных ресурсов, экологии карстовых регионов;
• проведение прикладных исследований по проблемам, связанным с карстовыми процессами и явлениями, карстоопасностью для целей строительства;
• оценка ресурсного потенциала карстовых полостей для природоохранных и рекреационных целей;
• научное сопровождение проектов использования пещер, мониторинг пещерной среды экскурсионных подземных пространств и естественных пещер, моделирование процессов, протекающих внутри пещер;
• мониторинг карстовых вод Крыма.

В Институте создана профильная научно-техническая библиотека по карсту и спелеологии, к настоящему времени насчитывающая свыше 18000 источников. Библиотека вошла в число шести мировых центров документации карста и пещер Международного спелеологического союза (UIS).
Институтом создана современная и эффективная система кадастрового учета пещер Крыма, включающая организационную структуру сбора первичных данных, профессиональную компетентную основу для обработки, структуирования, хранения и использования. Институт производит депонирование поступающих материалов, в том числе топосъемок пещер, их доведение до кадастровых стандартов, перевод в цифровую форму, внесение в единую электронную базу данных и ГИС-интеграцию. Кадастр пещер Крыма, содержащий материалы более 1600 пещер, является основой для решения ключевых научных и практических задач, связанных с пещерами как особым видом природных ресурсов.

С 2018-2019 г. по программе развития ФГАОУ ВО «КФУ им. В.И. Вернадского» реализует проект «Развитие учебно-методического научного центра «Институт спелеологии и карстологии» (ИСК) Таврической академии КФУ им. В.И. Вернадского (внутриуниверситетский).

С 2019 г. по программе развития ФГАОУ ВО «КФУ им. В.И. Вернадского» реализует проект «Создание научно-образовательного и спелеотуристического культурно-просветительского комплекса на базе карстовой пещеры Таврида (район поселка Зуя)»

Институт систематически участвует в выставках научных достижений в рамках мероприятий «Дни науки», проводимых в КФУ.

Институт провел научные конференции: «Крымские карстолого-спелеологические чтения: состояние и проблемы исследований карста и пещер», Симферополь, ТНУ, 2008 г.; «Гипогенный спелеогенез и гидрогеология карста артезианских бассейнов», Черновцы, 2009; Всероссийскую конференцию с международным участием «II Крымские карстологические чтения: изучение и использование естественных пространств и закарстованных территорий», Симферополь, 2018 г. УМНЦ ИСК является соорганизатором XXXV Пленума Геоморфологической комиссии РАН «Теория и методы современной геоморфологии», всероссийская конференция с международным участием, Симферополь, пр. Вернадского 4, КФУ имени В.И. Вернадского, Таврическая академия, географический факультет.3-8 октября 2016 г.

Коллектив Института, базируясь на результатах исследований за 2008-2013 гг., создал сайт Крымское предгорье http://predgorje.info при поддержке гранта Автономной республики Крым молодым ученым Крыма (Тимохиной Е.И., 2013). Сайт Крымское предгорье представляет собой научно-популярный ресурс, посвященный карсту и карстообусловленным особенностям рельефа Предгорного Крыма, предлагает принципиально новую трактовку природы карста Предгорного Крыма и его роли в развитии рельефа региона.